Flora und Vegetation

Ein besonderes Kennzeichen des Mühleweihers ist es, das alle häufigen Pflanzenarten des Wasserkörpers wie Tannenwedel, Quirlblütiges Tausendblatt, gewöhnlicher Wasserschlauch und weiße Seerose in Baden-Württemberg als gefährdet auf der roten Liste stehen.
Auch zahlreiche Pflanzen der Wasserwechselzone wie Teich-Schachtelhalm, spiegelndes Laichkraut und gewöhnliche Seebinse gehören zu den schonungsbedürftigen Arten. Der schmalblättrige Rohrkolben gehört zu den gefährdeten Arten. Stark gefährdet ist der kleine Igelkolben der im westlichen Uferbereich häufig vorkommt.